A Helghan bolygó küzdelmei folytatódnak! Rico és Sev eljutottak a Visari császárhoz, és Rico le is győzte. A történet ott folytatódik ahol a Killzone 2-vel befejeződött. A Helghast csapatok megindultak, azonban két hősünk elszigetelődött az Isa csapatoktól, így az ellenséges Helghast területen ragadtak, mikor kezdetét veszi az offenzíva.
A Killzone 3 a Sony Playstation 3 exkluzív játéka, mely a Killzone 2 óta csak még tovább fejlődött grafikailag.