A FIFA 16-ban ugyanakkor rengeteg változás érte a játékmenetet is, ezáltal minden eddiginél realisztikusabb védekezési rendszer vár ránk, amelynek keretein belül a készítők javítottak az emberfogáson és a követésen, miközben a focisták sokkal aktívabban védik az adott területet is, nem csak a kiválasztott embereket. Ezen kívül mesterséges intelligenciájuk sokkal gyorsabban illeszkedik a helyzetekhez, vagyis mindig időben váltanak védekező üzemmódba, miközben a teljesen új helyezkedési logika alkalmazásával igyekeznek mindig a legjobb helyzeteket kihozni a pályán. Teljes átalakuláson esett át továbbá a becsúszások és a leszerelések rendszere, ezáltal a becsúszás hosszabb és valószerűbb lesz, sőt élhetünk beijesztés lehetőségével is.
