A történet egészen pontosan ott folytatódik, ahol a második részben abba hagytuk, ha valakiben esetleg felmerült volna a kérdés, hogy vajon a Mester Assassin Ezio-nak milyen kihívást lehet még adni az életben, akkor erre villámgyorsan választ is fog kapni. Róma városának üzletei zárva vannak, gyönyörű épületei romokban hevernek, a despota Borgia nevű csoport rosszalkodott, míg mi Firenzével és Velencével foglalatoskodtunk. Szóval lesz dolgunk rendesen,pl: helyre kell tenni a testvériséget.
