A játék a történet legelejére röpít vissza bennünket: a fiatal Lara mindössze 21 éves, aki hátrahagyva az egyetemet első felfedező útjára indul. Egy hajószerencsétlenség következtében Japán partjaira sodródik, s az ismeretlen terepen kezdetét veszi a túlélésért folytatott harc.