A legendás Deus Ex-sorozat legújabb epizódjában a Human Revolution eseményei után mintegy két esztendővel, 2029-ben járunk, egy olyan világban, ahol az augmentációk, avagy a kibernetikus testrészek mindennapossá váltak, azonban az emberiség nem csak a jó ügy érdekében használta fel ezeket a kiegészítéseket. Főhősünk ezúttal is Adam Jensen lesz, aki a Task Force 29 tagjaként – ez az Interpol egyik új, a kialakult helyzethez igazított ágazata – azért küzd, hogy megállítsa az új terrorizmust, azonban néhány bizalmas információ felfedezése után rájön, hogy senkiben sem bízhat meg igazán.